Kerpen wurde erstmals im Jahre 871 unter den Namen „Kerpinna“ urkundlich erwähnt. Nach der Schlacht bei Worringen 1288 wurde Kerpen brabantische Enklave mitten im vom Kurfürstentum Köln und der Grafschaft Jülich beherrschten Gebiet, was Kerpen zu einer tatsächlichen Eigenständigkeit verhalf. Das Herzogtum Burgund übernahm das brabantische Erbe, das nach dem Tod Karls des Kühnen 1477 an das Haus Habsburg überging. Als König Karl V. 1522 das Reich unter seinen Söhnen aufteilte, fiel Kerpen mit den Niederlanden an den König von Spanien. Bis zum Frieden von Utrecht 1712 blieb Kerpen spanisch – noch in den 1970er Jahren erinnerte die heute nicht mehr existierende Gastwirtschaft „König von Spanien“ in der heutigen Stiftsstraße daran.

Anschließend wurde Kerpen mit dem ihm herrschaftlich verbundenen Lommersum eigenständige Reichsgrafschaft unter dem Grafen von Schaesberg. Mit der Besitzergreifung des Linken Rheinufers durch französische Revolutionstruppen verlor Kerpen 1794 seine Unabhängigkeit, wurde aber 1798 Kantonssitz (chef-lieu). Zu diesem Kanton gehörten die Mairien Blatzheim, Buir, Kerpen, Sindorf und Türnich. Der Kanton Kerpen war dem Arrondissement Köln im Rur-Departement zugeteilt. 1815 wurde Kerpen nach dem Wiener Kongress Bestandteil der preußischen Rheinprovinz im Kreis Bergheim (Erft). Kerpen erhielt 1941 die Stadtrechte.

Die heutige Stadt Kerpen ist am 1. Januar 1975 aus der damaligen Stadt Kerpen und sieben bis dahin eigenständigen Gemeinden im Rahmen einer Gemeindereform durch das Köln-Gesetz von 1974 entstanden.^[3] Die Stadtteile sind überwiegend noch immer durch große freie Flächen voneinander getrennt und haben sich daher eine gewisse Eigenständigkeit erhalten.

Die Stadtteile Mödrath und Bottenbroich wurden aufgrund des Braunkohletagebaus Frechen in den 1950er Jahren umgesiedelt. Die Einwohner des alten Mödrath bekamen ein Baugebiet im Nordosten Kerpens zugewiesen, die Einwohner Bottenbroichs ein Baugebiet im Osten Horrems. Ein Überbleibsel der Umsiedlung ist das Präfix „Neu-“ im Namen Neu-Bottenbroich.

Der Ortsteil Manheim wird etwa bis 2022 dem Tagebau Hambach weichen. Die Einwohner bestimmten in einer Abstimmung Kerpen-Dickbusch als Umsiedlungsstandort. Der neue Standort Dickbusch wird seit dem Frühjahr 2012 bebaut. Es ist noch nicht geklärt, ob auch „Fremde“ ein Grundstück am neuen Standort erwerben können.